12月5日，新公民計劃榮獲2008年度“中華慈善獎”之“最具影響力慈善項目”獎。
被民政部評為4A基金會，這是民政部主管的非公募基金會的最高評級。
被評為“全國先進社會組織”,南都基金會成為民政部主管的非公募基金會唯一獲獎機構。
2月，被民政部4A級社會組織。
2月，被民政部評為全國先進組織。
6月，榮獲中國社會工作協(xié)會“民族社會工作組織獎”。
榮獲“責任中國2011公益盛典—公益組織獎”。
1月5日，南都基金會被上海綠絲帶志愿者服務中心評為2010年度項目合作伙伴。
12月11日，榮獲“責任中國”2011年公益盛典之公益組織獎。主辦方對南都公益基金會做出較高評語：為天下培育公民，為社會保育民間組織，為公益界貢獻標準，為中國準備正面能量。南都公益基金會取財有道，散財亦有道。正所謂：亦仁亦德亦智信，千金盡散歸蒼生。
被評為“最受草根組織欣賞的基金會”。
位居中國公益慈善組織透明度首位。
11月28日，榮獲零點民生金鈴獎組委會—2012年民聲金鈴獎之“金鈴.勵”獎。
榮獲中國基金會評價榜“金桔獎”。
榮獲南都周刊中國溫度榜“年度團隊獎”。
8月18日，榮獲“抗震救災援建愛心集體獎”。
9月，被中民慈善捐助信息中心評為“2013年度1000家中國公益慈善組織信息披露情況抽樣調(diào)查卓越組織”。
12月23日，收到共青團雅安市委員會、雅安抗震救災社會組織和志愿者服務中心、雅安市群團組織社會服務中心“關心支持雅安災后重建單位感謝信”。
6月30日，被中國公益研究院授予“善治典范”稱號。
10月10日，被民政部評為4A級社會組織。
12月31日，獲得慈善組織認定。
獲得《2018年中國最透明慈善公益基金會》榜單第6名，非公募類別排名第1。
第三次蟬聯(lián)金桔獎，獲譽“最能引領和推動領域發(fā)展的基金會”。
2012年-2018年，持續(xù)獲得中國基金會透明指數(shù)（FTI）100分滿分。
榮獲第十六屆（2019）中國慈善榜·榜樣基金會。
獲得界面新聞《2019年中國最透明慈善公益基金會》榜單第1名。
連續(xù)8年獲得中基透明指數(shù)FTI滿分，獲得自律透明榜樣獎。
好公益平臺紀錄片《人，如何面對孤獨》獲得2019中國公益映像節(jié)基金會類最佳作品獎、最佳感人短片獎
《中國社會企業(yè)與社會投資行業(yè)掃描調(diào)研報告》入選十七屆中國慈善榜“優(yōu)秀公益研究報告”
南都基金會“行業(yè)建設”項目入選《慈善與可持續(xù)發(fā)展——中國行動2020》報告SDG17 伙伴關系
南都基金會連續(xù)四屆蟬聯(lián)“金桔獎”
界面新聞2020年度透明慈善公益基金會榜單第二名
好公益平臺入選WINGS（全球資助者支持計劃）#LiftUpPhilanthropy倡議典型案例
2021年中基透明指數(shù)FTI獲得100分，評級A+
2022年中基透明指數(shù)FTI獲得100分
好公益平臺榮獲“堅韌的力量”2022年度慈善盛典——年度優(yōu)秀案例
南都公益基金會榮獲2023中國慈善榜年度榜樣基金會
2023年中基透明指數(shù)FTI獲得100分
